廣西崇左市環境保護局的主要職能有貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律、法規；受委托研究起草有關環境保護行政管理的地方性法規、規章草案，經審議通過后組織實施；受省政府委托對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價。組織制訂和監督實施環境保護規劃及本省確定的重點區域、重點流域污染防治、生態保護規劃；編制環境功能區劃；制訂污染物排放總量控制計劃及相關政策；審核市和重點縣（市）城市總體規劃中的環境保護內容；參與編制本省可持續發展綱要等。